MENDEL, her bir genin farklı bir kromozom üzerinde olduğunu düşünmüştür. Başka bir ifadeyle tüm genlerin bağımsız olduğunu varsaymıştır.
Ancak, daha sonra yapılan çalışmalar, bir kromozom üzerinde birden fazla genin bulunduğunu ortaya koymuştur.
Aynı kromozom üzerinde bulunan genlere bağlı genler denir. Bağlı genler, mayoz sırasında parça değişimi olmazsa bağımsız olarak ayrılamazlar ve dölden döle birlikte geçme eğilimi gösterirler.
Bağlı genler, ancak mayoz bölünme sırasında meydana gelen krossing over olayı ile birbirinden ayrılabilir.
Aynı kromozom üzerindeki genler birbirinden ne kadar uzak ise, krossing over olma olasılığı da o derece fazladır.
Başka bir ifadeyle, krossing over olasılığı, genlerin birbirlerine olan uzaklıkları ile doğru orantılıdır.
Örneğin, Mendel’in deneylerinde kullandığı tohum rengi ve çiçek rengi genlerinin her ikisinin de bugün 1. kromozom çifti üzerinde bulunduğu bilinmektedir.
Ancak aralarındaki mesafe o kadar fazladır ki hemen hemen her mayozda bu iki gen arasında krossing over görülür ve oluşan döllerdeki fenotip ayrışım oranları bağımsız dağılımdaki oranlardan çok fazla bir sapma göstermez.
Aynı kromozom üzerinde bulunan genler bağlı genler ve bunların oluşturduğu gruba bağlantı grubu adı verildiğine göre bireyin sahip olduğu bağlantı gruplarının sayısı ilgili bireydeki haploid kromozom sayısına eşittir.
Örneğin insan için bağlantı grubu sayısı 23’tür.
Bağlı genleri bulunduran homolog çiftleri arasında krossing over görülüp görülmemesi durumuna göre bireyin oluşturacağı gamet çeşitliliği de farklılık gösterir. Parça değişimi, gamet çeşitliliğini artırır.
İki gen arasında ( örnekte AB veya ab ) krossing – over görülme ihtimali genler arasındaki mesafeye bağlıdır.
Genler arasındaki mesafe ne kadar fazla ise krossing – over ihtimali de aynı oranda fazladır.
Bağlı genler söz konusu olduğunda gametlerin oluşma yüzdeleri birbirinden farklılık arz eder.
Krossing over sonucu oluşabilecek rekombinant gametlerin oluşabilme ihtimalleri genler arasındaki mesafeye bağlı olarak değişebilmektedir.
Sonuç olarak bağlı genler söz konusu olduğunda çaprazlama sonucu elde edilen veriler farklılık arz edebilir.